Από την ενσωμάτωση των Δωδεκανήσων το 1945 και έως το 1963, το Ινστιτούτο λειτούργησε ως Περιφερειακός Σταθμός του Ελληνικού Υδροβιολογικού Ινστιτούτου, υπό την εποπτεία της Ακαδημίας Αθηνών.