Aπό το 2009, το ΕΛ.ΚΕ.Θ.Ε. διαθέτει ένα νέο ερευνητικό σκάφος, το Πλοίο Επιστημονικών Εφαρμογών (Π/ΕΕ) «Αλκυών», με Ν.Π. 10136, το οποίο ελλιμενίζεται στη Ρόδο. Η ναυπήγηση και ο πλήρης εξοπλισμός (επιστημονικός, ναυτιλιακός, Η/Μ κλπ.) του Π/ΕΕ «Αλκυών», συνολικής δαπάνης περίπου 1.196.000 €, χρηματοδοτήθηκαν από το ΠΕΠ Ν. Αιγαίου με Εθνική Συμμετοχή περίπου 23%.
Η δυνατότητα του Π/ΕΕ «Αλκυών» να επιχειρεί σε αβαθείς παράκτιες περιοχές σε συνδυασμό με τον σύγχρονο ναυτιλιακό και επιστημονικό εξοπλισμό που διαθέτει, του επιτρέπει να παρέχει υποστήριξη στις ερευνητικές δραστηριότητες του ΕΛ.ΚΕ.Θ.Ε. στην παράκτια ζώνη, που περιλαμβάνουν:
·         την κλασσική ωκεανογραφία
·         τη μελέτη της στήλης του νερού
·         εξειδικευμένες γεωφυσικές μελέτες βυθού και υποστρώματος
·         πολυκλαδικά προγράμματα παρακολούθησης της κατάστασης του θαλάσσιου περιβάλλοντος.